Convertir les fins de ligne DOS en fins de ligne UNIX

Pour convertir les fins de ligne DOS en fins de ligne UNIX, il suffit d'utiliser l'utilitaire dos2unix (respectivement unix2dos).
Une autre possibilité :
sed -i -e "s/\r$//" {} \;
Cette commande peut faire d'autres choses intéressantes, comme convertir l'encodage du fichier (ISO-8859-1 vers UTF-8 par exemple). Pour plus d'infos, voir le man de dos2unix.
Remarque : autre possibilité pour convertir des fichiers en UTF-8 (non testé) :
find . -type f -exec recode UTF-8 {} \;

Convertir l'encodage d'un fichier

Note : post de 2007...
Pour modifier l'encodage d'un fichier, c'est très simple grâce à la commande iconv.
Voici un exemple qui permet de convertir un fichier ISO8859-1 en UTF-8 :
iconv -f iso8859-1 -t utf8 fichierSource -o fichierDestination